Tras la derrota de Makuta, que marcó el final de el Tiempo Oscuro, Takua emergió de debajo de los restos del vórtice de Makuta después de presenciar la Batalla de los Toa Mata contra el Maestro de las Sombras. En el otro extremo de la sala, una puerta grande y circular, con el mismo signo que Takua había visto una vez en un sueño, se abrió. Takua entró.
Tras la puerta, había una enorme estructura de nidos con seres en el durmiendo, Y cuando Takua se acerco, dos ojos rojos brillaron. Uno de los nidos se abrió y salió una criatura. Takua intentó huir mientras más nidos se abrían y mas criaturas salían. Descubrió una esfera de oro, pero había una pieza que faltaba, que Takua reconoció. Buscó en su mochila el objeto en que estaba pensando, echando fuera todo lo que tenía en su mochila. Después de encontrar lo que buscaba, él colocó el chisel de Po-Koro en la esfera, y pronto fue rodeado por una burbuja de energía. La burbuja luego rápidamente transporto a Takua hasta la parte superior de la cámara y a través de un túnel, lanzándole a través del Portal del Nido Bohrok, en la Playa de Ta-Wahi.
Turaga Vakama estaba esperando allí, y lo felicitó por demostrar lo equivocado que estaba, por pensar que Takua había sido asesinado, así como pensar que el Ta-Matoran iba a traer mala suerte. Entonces, los fuegos artificiales empezaron a ser disparados y Vakama y Takua regresaron a Ta-Koro juntos, mientras la Estrella Roja brillaba más que nunca.
En la fiesta de la victoria, una horda de Pahrak y Kohrak ataco Ta-Koro. Todos los Matoran se escondieron, pero Kapura enloqueció y corrió a buscar a los Toa, mientras murmuraba "Bohrok" una y otra vez.
En Kini-Nui, los Toa Mata estaban discutiendo su victoria. Mientras caminaban, descubrieron a Kapura. Los Toa utilizaron el poder de sus Kanohi Kakama Doradas, para correr a Ta-Koro, para ver qué había sucedido. Los Pahrak y Kohrak seguían atacando Ta-Wahi. Sin embargo, no estaban atacando a los Matoran, sólo la tierra, e incluso ignoraron a los Toa, Los Toa se pusieron en el camino de los Bohrok. Lewa intento crear un ciclón, pero un disparo de un Kohrak lo congeló a mediados de ataque, y luego lo envió a estrellarse contra el suelo, por que el hielo lo dejo demasiado pesado para permanecer en el aire. Tahu levitaba porque usaba el poder de su Kanohi Miru Dorada, disperso a los Kohrak Y derritió el hielo alrededor de Lewa. Un Pahrak eligió ese momento para crear una avalancha dirigida a Pohatu. Antes de que las piedras pudieran afectar a Pohatu, Onua utilizo el poder de su Kanohi Kakama Dorada para sacarlo del camino en el momento justo. Tahu ordenó entonces a Gali y Lewa combinar sus poderes, a fin de crear una tormenta. Con la fuerza de la tormenta los Bohrok huyeron. Todos menos uno, un Pahrak, que yacía en el suelo con su pieza de cabeza abierta, y su Krana expuesta.
Vakama entonces apareció, y contó a los Toa la historia de los Bohrok. Les explicó que tendrían que recoger los ocho tipos de Krana de los seis tipos de Bohrok con la esperanza de detener su invasión. Los Toa decidieron separarse y buscar cada uno en su propio pueblo.
Enjambres de Tahnok estaban comenzando un asedio en Po-Koro. Turaga Onewa y los Po-Matoran no tenían forma de escapar, porque no había más que una salida, a través de la Ruta de las Profecías, por donde los Tahnok se acercaban. La Guardia de Po-Koro se preparaba para un ataque contra el enjambre, pero en los últimos momentos, cuando los Tahnok estaban muy cerca, Hafu derribaba algunas de sus estatuas de la Ruta para bloquear la ruta de entrada a los Tahnok. Logro con éxito derribar todas las estatuas, pero quedo atrapado fuera. Un Tahnok ahora estaba justo delante de él, preparándose para disparar un Krana, pero justo a tiempo, Toa Pohatu llegó y salvó a Hafu. Pohatu utilizo entonces su Kanohi Komau para hacer que Hewkii pateara una pelota Kolhii a abajo sobre una roca sobre la cual estaba parados Pohatu y Hafu. Esto hizo que la piedra actuara como una catapulta, arrojando a Pohatu y a Hafu de vuelta a Po-Koro. Po-Koro fue atacado después por Lehvak y Pahrak. Pohatu los derroto, ganando unos pocos Krana. A pesar de la victoria de Pohatu, Po-Koro tuvo que ser evacuado, por que los Bohrok habían causado mucho daño allí.
Onu-Koro después de un ataque de Nuhvok, fue atacado de nuevo por Gahlok, que intentaban inundar las cuevas. Como resultado, Onu-Koro estaba siendo evacuada, sus residentes se trasladaban a una sección diferente de Onu-Wahi. Onepu y Taipu se quedaron juntos abriendo la salida por donde los Onu-Matoran estaban huyendo. Taipu sostenía una enorme roca encima de él, que planeaba usar para bloquear la entrada de Onu-Koro y el lugar, donde Turaga Whenua y los Onu-Matoran estarían, después de que todos habían huido de Onu-Koro. Nuparu fue el último en evacuar, pero justo cuando estaba llegando a la salida, el agua se precipitó en Onu-Koro. Nuparu, sin embargo, quedo en el interior en el último momento, quedando atrapados los tres Onu-Matoran dentro de una caverna. Con una Piedra de Luz que Nuparu tenia, ilumino la cueva, sin embargo los Matoran se asustaron por un Gahlok desactivado sin Krana que ahí se encontraba. Onepu y Taipu empezaron a quitar algunas rocas caídas, en un intento de liberarse, mientras que Nuparu empezo a manipular las piezas del Gahlok. Taipu y Onepu comenzaron a ayudarlo, y pronto su invención fue terminada. Nuparu usó su creación para derrotar a los Gahlok de Onu-Koro, dándole el nombre de Boxor. A continuación, viajo alrededor de Mata Nui con Takua y varios nuevos Boxor, junto con algunos pilotos para ayudar a otros pueblos.
Cuando Lewa regresó a Le-Wahi, descubrió un gran número de Lehvak con Matau y los Le-Matoran, que ahora llevaban Krana esclavizados dandole la bienvenida al Toa del Aire.
Mientras que los otros Toa buscaban solos, Pohatu y Gali se habían unido, y formularon un plan. Siete soles después de que los Bohrok despertaran, los Toa se reunieron para ayudarse. En medio de Po-Wahi, Onua cavo un túnel desde Cañón Tiro al mar y luego se fue a Le-Koro para buscar a Lewa, como los Toa no habían oído nada de él desde que se separaron. Kopaka tapo la entrada del túnel con hielo sólido, así que el agua no lo pudiera inundar todavía. Cuando los Tahnok pasaban rápidamente a través del cañón, Pohatu pateó una piedra en el dique de hielo. Con el tapón roto, el agua paso y pronto inundó a los Tahnok, Gali entro al agua para recuperar Krana, pero los Bohrok habían calentado el agua a una temperatura alta, La Toa del Agua logro recuperar cuatro Krana. Después de que tres Tahnok intentaran aplastar a Gali con un trozo de la pared del cañón, ella reapareció en la superficie del agua, y con Pohatu, huyeron antes de que los Tahnok pudieran salir. Los dos Toa corrieron todo el camino hasta el borde de Po-Wahi, sólo para ser confrontados por Gahlok.
Al mismo tiempo, Kopaka siguió a un escuadrón de Tahnok Va a una cueva que estaba llena de muchos más. Tahu y Kopaka se encontraron en Ta-Wahi, mientras el Toa del Fuego estaba dando un discurso de motivación a un grupo de Ta-Matoran. Kopaka contó a Tahu de la cueva y juntos viajaron al lugar. Luego de ver la cueva, los dos Toa llegaron a la conclusión de que los Bohrok no eran criaturas de otro lugar, como lo habían pensado, si no que venían desde el interior mismo de Mata Nui. Tahu comenzó a cargar energía en un intento por poner fin a los Bohrok, pero Kopaka lo detuvo, recordándole que las Krana eran la clave para derrotar a los Bohrok.
Mientras tanto, Onua encontró a Lewa en Le-Wahi. Lewa lo golpeó con un ataque aéreo y le dijo que huyera, ya que el Krana estaba controlando su cuerpo. Pero Onua se quedo, diciéndole a Lewa que era más fuerte que el Krana, y que debía mostrarse digno de ser un Toa. Lewa se arrancó la Krana y Onua le dio su máscara, y le explicó que había encontrado algunos Lehvak Va anteriormente. luego aparecieron los Lehvak y atacaron a los dos Toa, pero Onua había traído un grupo de Boxor con los que, rápidamente rodearon a los Bohrok. Lewa dijo a Onua que podía escuchar las voces del enjambre, mientras que estaba bajo el control del Krana, y que los Toa tenían que actuar ahora, o no quedaría nada de Mata Nui.
En Le-Wahi, un pequeño grupo de Matoran se había reunido en un campamento. Takua, Nuparu, y algunos Boxors con otros Onu-Matoran estaban allí, planificando como liberar a los Le-Matoran, la mayoría de los cuales seguían bajo la influencia de Krana. De repente Kongu y Tamaru, los únicos Le-Matoran que habían escapado de los Bohrok, entraron en el campamento y fueron recibidos por Takua y Nuparu. Kongu y Tamaru explicaron que fueron los únicos Le-Matoran que sobrevivieron, y que Lewa también estaba bajo el poder de un Krana. Takua sin embargo sabía que Onua había liberado a Lewa, e informo esto a los dos Matoran que se alegraron de escuchar las noticias. Juntos, los cuatro Matoran elaboraron un plan para derrotar a los Nuhvok, que ahora residen en Le-Wahi, y liberar a los Le-Matoran.
Por la mañana, el plan se puso en marcha. Kongu y Tamaru localizaron al enjambre de Nuhvok y los provocaron, haciendo que los Bohrok los siguieran ya que huyeron rápidamente por entre los árboles de Le-Wahi. Los dos Le-Matoran llevaron a los Bohrok a un claro, donde Turaga Matau y los Le-Matoran les tendieron una emboscada, junto con los Nuhvok que los habían estado persiguiendo. Kongu y Tamaru fueron rodeados y los Nuhvok estaban preparados para lanzar su Krana a los dos Le-Matoran. De pronto salieron Boxor del suelo, atrapando a los Bohrok y los Le-Matoran con Krana en trampas. Takua y Nuparu eliminaron los Kranas de Turaga Matau y los Le-Matoran y los Boxor derrotaron a los Bohrok. Le-Koro fue recuperado después de la batalla.
Mientras estaban en el Cañón, Gali y Pohatu detectaron un grupo de Tahnok destruyendo la zona. Enojado, Pohatu creó un muro de piedra para impedir su progreso, mientras que Gali utilizo la humedad en el área circundante para convocar a una ola gigante para barrerlos. Los dos Toa a continuación, se reagruparon con sus aliados, y Kopaka les informó de su hallazgo. Diciéndoles de el Nido Bohrok, tras haber reunidos todas las variedades de Krana, los seis Toa acordaron bajar por el túnel y poner fin a la amenaza de los Bohrok de una vez por todas.
Bajando por los túneles, Tahu habló con Onua sobre sus sospechas. Convencidos de que Lewa aún estaba influenciado por el poder de la Krana, Tahu dijo a Onua que lo mantuviera vigilado. Onua, sin embargo, se encogió de hombros tras este comentario, diciendo que, al final Lewa fue lo suficientemente fuerte para vencer el poder del Krana. Mientras Tahu y Onua discutían, Pohatu señaló en voz alta cómo el túnel en el que viajaban poseía increíbles paredes lisas. Gali, sorprendida por esto, hablo con Pohatu, y los dos llegaron a sentirse muy incómodos al respecto. Mientras tanto, Lewa se acerco a hablar con Kopaka, preocupado de que el enjambre influyera en él todavía.
Antes de que Kopaka pudiera contestar, los Toa Mata detectaron un agujero en el camino. Tahu, utilizo la Miru, y bajo por el agujero, encontrando un enorme Nido Bohrok. Esperando que no se despertaran, estos despertaron ante sus ojos. La vía devuelta fue bloqueada, Tahu estaba atrapado abajo, mientras que los otros quedaron atrapados arriba. Para añadir a sus preocupaciones, Kopaka noto una corriente de lava venir hacia ellos. Mientras Tahu intentaba escapar de los Tahnok que ahora lo tenían rodeado, Kopaka uso sus poderes sobre el hielo para mantener a raya la lava. Lewa al ver a Pohatu y Onua trabajando desesperadamente para destruir el muro para escapar, se dio cuenta de que el muro era una ilusión. Empujando su hacha a través de el para mostrarles, los Toa quedaron asombrados. Viajando, los seis Toa sintieron que el suelo debajo de ellos estaba cada vez más caliente. Kopaka rápidamente les instó a quitarse y la pared exploto, entrando Tahu a través de ella.
Cuando Tahu entró en la habitación, le contó a los demás lo que le había sucedido. Cuando terminó, el suelo debajo de ellos cedió, lo que los llevo a una sala enorme. Al ver los nichos en el piso, los Toa comenzaron a colocar los Krana en ellos. Cuando todos los Krana fueron colocados, la cámara comenzó a temblar, y se abrió en seis corredores. Cada uno de los Toa entro en un corredor y encontraron un traje de armadura gigante esperándolos, los Exo-Toa. Equipandose con las armaduras, los Toa avanzaron a la próxima cámara, encontraron las monstruosas Bahrag esperando. Disparando su Electro-Cohete, Tahu lastimo a una de las criaturas, y juntos, los Toa hicieron retroceder a las criaturas hasta el centro de la cámara. Antes de que pudieran atacar de nuevo, un escudo se formo alrededor de las Bahrag para protegerlas. Las Bahrag les dijeron de cómo hacerlas juntarse sólo aumentó su poder, y, sin saberlo, en verdad las habían ayudado.
Continuando la batalla, los Toa se vieron siendo superados por las Bahrag. cuatro de los Toa fueron heridos por el control de las Bahrag sobre los elementos, y Pohatu y Onua estaban luchando contra el aire, engañados por la ilusión de una Bahrag. Al ver a Tahu cerca de quedar inconsciente, Gali grito a Pohatu y Onua rompiendo las ilusiones, y sorprendidos de que fueron engañados. Poco después, los Toa se despojaron de sus armaduras Exo-Toa, como Tahu se dio cuenta de que les impedían utilizar sus Poderes Elementales. Combinando sus poderes, los Toa Mata atraparon a las Bahrag en una Prisión de Protodermis.
Mientras tanto, en la superficie de Mata Nui, Takua y Jaller viajaron a Ga-Koro, para hablar con Turaga Nokama. Una vez allí, Jaller le dijo a Nokama que Vakama había solicitado que él y su guardia viniera, con el fin de ayudar a proteger el pueblo. Takua había llegado con la noticia de la creación de el Boxor, con el que algunos pilotos llegaron también a Ga-Koro. Nokama, aunque complacida con esto, dijo a los Matoran que los Pahrak ya estaban a sus puertas, y cerca de atacar. En ese momento, Kotu, la mano izquierda de Nokama, interrumpió la reunión, diciéndole que algo extraño estaba sucediendo fuera de su choza. Las Ga-Matoran, vieron con asombro como los barcos de Po-Koro viajaban a su pueblo, con Turaga Onewa a la cabeza. Onewa contó a Nokama que había viajado a Ga-Koro para buscar refugio de los Bohrok, como Po-Koro estaba bajo el asedio de enjambres Tahnok. Los Pahrak observaban las puertas, Onewa señaló cómo había hecho una mala elección al llegar al pueblo en ese momento. Cuando terminaron, Los Pahrak comenzaron su invasión del pueblo.
Intentando cortar el paso a los Pahrak, Macku, Hahli y Kotu trataron de destruir la calzada que llevaba a la playa. Antes de que pudieran terminar, Los Pahrak destruyeron las puertas de Ga-Koro, y lanzaron rocas volando hacia las Matoran. Como una caía sobre Macku, Hewkii saltó en el camino, y golpeó la roca con una red de pesca Ga-Matoran. Esto tiempo después inspiraría una reforma de el juego Kolhii, que se jugaría después de la Invasión Bohrok.
Habiendo sido salvada, por la noche la Ga-Matoran se acerco y agradeció al Po-Matoran. Mientras Macku hablaba con Hewkii en agradecimiento por haberla salvado, Jaller, Takua, y Hahli entraron, diciendo cómo los Pahrak encontrarían una manera de superar los obstáculos, interrumpiendo a la pareja Matoran. Más tarde en la noche, Los Pahrak destruyeron la cascada Kaukau, formando un puente hacia Ga-Koro. Los Pahrak irrumpieron en el pueblo, destruyendo gran parte de el.
Los Matoran en Boxor se adelantaron a enfrentarlos. Los Pahrak simplemente quitaron la hoja del suelo, tirando a las máquinas y a sus pilotos en el agua. Mientras que las Ga-Matoran salvaban a los pilotos, Los Pahrak quedaron aislados del pueblo. En ese momento, tres Pahrak Va llegaron al lugar, y dieron a los Pahrak Krana Vu. Habilitándolos para volar, Los Pahrak volaron hasta donde los Matoran estaban, Los Bohrok se preparaban para derrotarlos de una vez por todas.
Takua y Jaller, acampaban fuera de la aldea, sorprendidos por lo que estaba ocurriendo. Incapaces de ayudar desde donde se encontraban, los dos Matoran quedaron varados durante un tiempo antes de que a Takua, lo golpeara una idea y le dijo a Jaller que retirara un bastón de bambú. Se subió arriba de el y le dijo Takua a Jaller que lo soltara, Lanzando a el Cronista hacia los Matoran. Frente a los Pahrak, Takua estuvo dispuesto a defenderse junto con los otros Matoran. En ese momento, el Suva empezó a brillar y el Símbolo Nuva de Gali empezó a girar en la parte superior del Suva. Desde el Suva se dispararon rayos de luz, desactivando a los Bohrok. Nokama asombrada, le dijo a los Matoran que los Toa habían tenido éxito, y que la amenaza del enjambre había terminado.
Victoriosos, los Toa sintieron un ruido sordo bajo sus pies. El suelo se abrio, y los Toa Mata cayeron en tubos de Protodermis Energizado. los mineros Onu-Matoran habían estudiado formas de este material por años, pero, nadie sabía cómo reaccionaría un ser a la sustancia. Los Toa experimentaron muchos sentimientos dentro de los contenedores, calor, frío, y muchos más. Cuando la experiencia terminó, se levantaron los Toa, transformados por el Protodermis Energizada. Teniendo nuevas armaduras y nuevas herramientas, los Toa se tomaron un momento para examinar su armadura, piedras de la cueva se derrumbaron sobre ellos. Activando su máscara, Tahu Nuva utilizo la Hau Nuva, para proteger a todos los nuevos Toa Nuva. Sorprendido, Tahu noto las nuevas habilidades de su máscara. A continuación, ordeno a Lewa y Pohatu que utilizaran las máscaras para sacarlos de la cámara, y con los poderes combinados de velocidad y de vuelo, los Toa Nuva escaparon.
En Ga-Koro, los Matoran se dedicaron a reparar sus tierras. Mientras que muchos Matoran trabajaban sobre la cascada Kaukau, otros tomaron todos los Krana y los tiraron a una fosa. A continuación, un Bohrok coloco una roca en la parte superior, evitando que los Krana escaparan para siempre. Mientras Takua, Jaller y Hewkii observaban, notaron la nueva forma de Kolhii que había sido creada. Hewkii fue arrastrado por Macku, para sus lecciones de natación, Jaller fue con Hahli, para disfrutar de unos días bajo el sol. Takua luego miró hacia el océano, agradecido por el final de la guerra, pero ajeno a la amenaza que surgirá una vez más.